Prinsenkapel

In de Prinsenkapel zijn alle glas-in-lood-ramen vervangen volgens het hiervoor geschetste procédé, met uitzondering van de gebrandschilderde glas-in-loodramen. De muren zijn gebikt, gestuct en geschilderd. De vloer is tegel voor tegel uitgenomen en van vloerverwarming voorzien, waarna de tegelvloer is teruggelegd in hetzelfde patroon. Het prachtige eiken koorhek was over de gehele lengte door krimpen en uitzetten gescheurd; het is onzichtbaar gerepareerd.

Gewelfschilderingen in de Prinsenkapel

De eerst bekende restauratie dateert uit 1938. Toen zijn de gewelfschilderingen onder vele lagen witkalk tijdens herstelwerkzaamheden aan de kap teruggevonden. Vanwege lekkages moesten de kap en de gewelven hersteld worden. Destijds werd de restauratie uitgevoerd door Jacob Por. De aangerichte schade door de lekkages was vooral te zien in de massieve gewelfaanzetten. Door het vocht ontstond veel kalkuitbloei. Tijdens de restauratie onder leiding van Por is helaas achteraf bij onderzoek gebleken dat toendertijd een te korte wachttijd in acht is genomen voordat men aan het restaureren van het schilderwerk begon. Met die wetenschap in het achterhoofd heeft W. Haakma Wagenaar van het Centraal Laboratorium een nieuw onderzoeks- en restauratie rapport geschreven. Het Restauratieatelier van Dick Schoonekamp is in 1998 begonnen met de restauratie van de kostbare en unieke schilderingen van Tomasso Vincidor de Bologna, die dateren uit 1533. In 2004 zijn de werkzaamheden afgerond.
Overschilderingen zijn verwijderd en de gehele gewelfschildering is gereinigd. De witgrijze waas is verwijderd. Daardoor zijn talloze originele schilderingen vrijgelegd en weer zichtbaar geworden. De afbeeldingen zijn geretoucheerd in de toon van hun omgeving. Het originele goud is bewaard en vastgelegd. Er is voor gekozen om de gewelfribben op neus en kralen te vergulden. De kleur groen is in mineraalverf met sponstechniek aangebracht. De bogen van de Prinsenkapel zijn gekalkt met houtgebrande melkkalk en met kleur op toon gebracht. Deze werkzaamheden in de kapel zijn geheel conform het algemeen aanvaarde restauratiecredo "consolideren en zoveel als mogelijk terughoudend herstellen" uitgevoerd. De gewelfschilderingen van Vincidor da Bologna zijn uniek voor West-Europa boven de Alpen en verdienen daardoor hetzelfde respect als de Nachtwacht. Op dit moment (2010/2011) worden de zijluiken van het Drieluik van Jan van Scorel gerestaureerd in het atelier van Menno Dooijes te Makkum. Het middenpaneel is niet gerestaureerd maar alleen gestabiliseerd.