In de eerste helft van de 16de eeuw beleeft de grote of O.L.V. Kerk het hoogtepunt van haar bloei. Graaf Hendrik III, Heer van Breda neemt een toonaangevende plaats in aan het hof van Keizer Karel de V. Zijn zoon René van Châlon, Prins van Oranje en Heer van Breda zal te jong sterven om carrière te maken. Zijn neef Prins Willem I van Oranje zal weer een belangrijke positie innemen en in de Nederlandse geschiedenis een bijzondere en toonaangevende rol spelen.

Omstreeks 1520 1525 wordt het Herenkoor uitgebreid met een nieuwe kapel, de huidige Prinsenkapel. In 1526 wordt het nieuwe altaar in deze kapel gewijd. Het drieluik van Jan van Scorel , dat bij dit altaar hoorde, hangt nog steeds in de Kerk. In dat zelfde jaar wordt de oostelijke muur van het Herenkoor uitgebroken en wordt begonnen aan de bouw van de kooromgang. De kooromgang komt in 1536 gereed. Graaf Hendrik III van Nassau had besloten voor zijn vader en moeder in de Prinsenkapel een grafmonument op te richten.

Voor de bouw van dit grafmonument en de aanleg van de grafkelder had men zeven jaar nodig, van 1531 tot 1538. De gewelfschilderingen in de Prinsenkapel waren al eerder gereed gekomen, namelijk in 1533. De gewelfschilderingen laten vormen zien die we ook kennen uit het werk van Lucas van Leyden. Ook in het koorhek vinden we vormen die sterke overeenkomst vertonen van etsen van Lucas van Leyden terug. De bewaard gebleven fragmenten gebrandschilderd glas in de ramen van de Prinsenkapel behoort tot het oudste in nederland bewaard gebleven gebrandschilderd glas. Het grafmonument van Graaf Engelbrecht II van Nassau en zijn vrouw , de gewelfschilderingen, de tapijt schilderingen aan de muren en pilaren, het drieluik van Van Scorel en het koorhek vormen een hoogtepunt in de Grote of O.L.V. Kerk van Breda.

Dankzij zijn rijkdom kon de Heer van Breda er een grote hofhouding op na houden. De leden van de hofhouding woonden en werkten in Breda en werden daar ook begraven. In de kooromgang van de Grote of O.L.V. Kerk getuigen meerdere vroegrenaissance epitafen aan deze bloeiperiode van het hof in Breda. Joris van Froenhuijsen, Nicolaas Vierling, Jan van Hulten, Jan van Dendermonde heer van Borgnival en een onbekende hebben ieder hun eigen vroegrenaissance grafmonument aan de muur hangen . De monumenten worden vaak vergeleken met werk van Cornelis Floris. Tegen de oostelijke scheidingsmuur van het koor is het grafmonument geplaatst van Frederik van Renesse . De achterwand van dit monument wordt gesierd door zeven medaillons voorstellende de zeven smarten van Maria. In de Franciscuskapel hangt tegen de westelijke muur het grafmonument van Dirk van Assendelft en Adriana van Nassau. Tegen de achterwand is het laatste oordeel afgebeeld en daarboven is het verhaal van Mozes en de koperen slang te zien.

Het belang van de verzameling vroegrenaissance grafmonumenten en schilderingen is met name zo groot omdat het behoort tot het weinige dat aan renaissancekunst van voor de beeldenstorm is bewaard gebleven. Het is het levende bewijs van de doorbraak van de nieuwe vormentaal in de Noordelijke Nederlanden. Aan de bloeiperiode kwam abrupt ene einde toen in 1566 de grote of O.L.V. Kerk werd getroffen door de beeldenstorm.