Na de beeldenstorm brak voor de kerk een periode van onzekerheid aan. Meerdere malen zou de kerk in andere handen overgaan. Ondanks de beeldenstorm bleef de kerk tot 1576 in katholieke handen. Van 1577 tot 1581 kwam de kerk voor het eerst in protestantse handen, om vervolgens tot 1590 weer aan de katholieke eredienst te worden gewijd. Na de krijgslist met het turfschip zou Breda in handen van Prins Maurits komen en blijven tot 1625. De kerk was in deze periode weer in gebruik bij de protestanten. Nog kort van 1625 tot 1637 zou de kerk weer aan de katholieken toebehoren, maar in 1637 kwam de kerk definitief aan de protestanten. Alles wat aan de katholieke eredienst herinnerde verdween definitief uit de kerk. Wat bleef waren de grafmonumenten, het koperen doopvont, de oude grafzerken en het gebrandschilderd glas.