Een algemeen verbod tot begraven in de kerk werd met ingang van 1 januari 1829 van kracht. De laatste begrafenis in de Grote of O.L.V. Kerk vond op 16 november 1828 plaats. Meer dan 200 grafstenen, uit de 15de tot en met de 19de eeuw, bedekken de vloer van de kerk. Het ontbreken van regelmaat en de bijzondere lichtval maken dat de kerkvloer er anno 1995 nog steeds uit ziet als een vloer waar elke dag nog begraven wordt. Alles is er ook aan gelegen dit unieke karakter te bewaren .

Van 1843 tot 1875 vond de eerste grote restauratie van de toren van de Grote of O.L.V. Kerk plaats. De restauratie staat onder leiding van de gemeentearchitect A.J.F. Cuypers. De restauratie van de kerk zelf begint in 1902 en zal duren tot 1968. Vanaf 1956 was de kerk echter alweer in gebruik genomen. Tijdens deze periode zijn alle bewaard gebleven gewelf en muurschilderingen onder de witkalk te voorschijn gekomen.

De tweede restauratie aan de toren startte in 1946 en zou duren tot 1968. In 1995 is, na enkele kleinere restauratiewerken in de periode 1988 1992, begonnen met de tweede grote restauratie van de Grote of O.L.V. Kerk. Deze restauratie werd in 1998 afgesloten met een feestelijke heringebruikname van het gebouw, waarbij Koningin Beatrix aanwezig was. Vanaf 1998 worden stap voor stap onderdelen van het interieur gerestaureerd. De restauratie van de Prinsenkapel maakt onderdeel uit van deze restauratie. (voor informatie over de restauratie van 1995 – 1998 en de vervolgrestauraties: zie Restauratie).